Naast de Tsjerke oan it Dok werd er vroeger ook gekerkt in de (nu voormalig) gereformeerde kerk aan de Nieuwburen.
Deze kerk, gebouwd in 1889 en in 1890 in gebruik genomen, was een bijzonder gebouw.
Het is een neogotische kerk naar een ontwerp van F.H. Koekkoek. Het is een beeldbepalende kerk die werd uitgebreid met allerlei nevengebouwen, zoals zalencentrum Het Baken.
Tijdens de ambtsperiode van ds. F.J. Scholten, werd in 1954 achter de kerk “Het Baken” gebouwd, dat dienst deed als vergadercentrum voor het kerkelijke verenigingsleven. Architect S. van der Veen maakte de plannen en werd gerealiseerd door de fa. Gebr. Frankema.
Het orgel werd in 1961 gebouwd door de firma Fonteijn & Gaal (Amsterdam, Rotterdam).
In het voorjaar van 2019 werd de kerk verkocht, waarna op 8 december van dat jaar de laatste viering werd gehouden onder leiding van ds. Eize van der Sluis.
Op de site van de Gerformeerde Kerken is een historisch verslag te lezen over het ontstaan van de geref. kerk in Lemmer door de heer G.J. Kok uit Groningen.